Ученые расшифровали геном оливкового дерева

Исследователи из Центра геномной регуляции (CRG), Королевского ботанического сада (CSIC-RJB) и Национального центра анализа генома (CNAG-CRG) расшифровали геном оливкового дерева, используя образец возрастом 1,300 лет, принадлежащий испанскому Сорт Фарга в качестве эталона.

За последние 10 лет генетический код ряда видов растений был собран, аннотирован и обнародован. Теперь к этому списку секвенированных геномов растений можно добавить оливковое дерево. Трехлетний исследовательский проект финансировался испанским банком Banco Santander и был опубликован 27 июня 2016 года в GigaScience, журнале с открытыми данными.

Исследовательский проект координировал Пабло Варгас, исследователь из CSIC Real Jardín Botánico, который объяснил процесс в пресс-релизе:

Существует три этапа секвенирования генома: во-первых, выделить все гены, которые мы опубликовали два года назад. Во-вторых, собрать геном, то есть упорядочить эти гены один за другим, как связать отдельные фразы в книге. Наконец, определите все гены или обязательную книгу. Последние два этапа — это то, что мы сделали и сейчас представляем».

В процессе идентификации генов оливкового дерева исследователи обнаружили, что оно содержит более 56,000 - генов, что намного больше, чем у других видов растений, и вдвое больше, чем в геноме человека.

Исследователи также обнаружили, что, используя 1,300-летний образец оливкового дерева, это был первый случай, когда такой старый индивидуума» был секвенирован его геном. До сих пор все секвенированные особи, от плодовой мухи (Drosophila melanogaster) до первого проанализированного человека, жили определенное время, в зависимости от их ограниченной ожидаемой продолжительности жизни. Это первый случай секвенирования ДНК человека старше 1,000 лет, который, вероятно, проживет еще 1,300 лет», — рассказали исследователи Пабло Варгас и Тони Габальдон (CRG).

Понимание генетического кода оливкового дерева поможет ученым понять множество факторов, связанных с деревом, в том числе его долговечность, его способность адаптироваться к засушливым условиям, а также различия между сортами, размерами и вкусом оливок. В конечном счете, это также будет способствовать новым исследованиям в области генетического улучшения для производства оливок и оливкового масла, а также способов защиты оливкового дерева от бактерий и инфекций.

Чтобы облегчить дальнейшие исследования, полное секвенирование генома оливкового дерева стало общедоступным на сайте GigaScience. База данных GigaDB.

• ГигаНаука


• Гига база данных